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Journal articles
A simple ATAC-seq protocol for population epigenetics
Ronaldo de Carvalho Augusto
1
Olivier Rey
1
Céline Cosseau
1
Cristian Chaparro
1
Jérémie Vidal-Dupiol
1
Jean-François Allienne
1
David Duval
1
Silvain Pinaud
1, 2
Sina Tönges
3
Ranja Andriantsoa
3
Emilien Luquet
4
Fabien Aubret
5, 6
Mamadou Dia Sow
7
Patrice David
8
Vicki Thomson
9
Dominique Joly
10
Mariana Gomes Lima
11
Déborah Federico
12
Etienne Danchin
12
Aki Minoda
13
Christoph Grunau
1
Ronaldo de Carvalho Augusto 1
Author IdHAL : ronaldo-augusto ORCID : https://orcid.org/0000-0003-1147-0043
Olivier Rey 1
Author
Céline Cosseau 1
Author
Cristian Chaparro 1
Author IdHAL : cristian-chaparro ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/D-1427-2015 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-5162-349X
Jérémie Vidal-Dupiol 1
Author
Jean-François J. F. Allienne 1
Author
David Duval 1
Author IdHAL : david-duval ORCID : https://orcid.org/0000-0001-6933-3354
Silvain Pinaud 1, 2
Author
Mamadou Dia Sow 7
Author
Patrice David 8
Author IdHAL : patrice-david ORCID : https://orcid.org/0000-0003-4588-990X
Vicki Thomson 9
Author
Dominique D. Joly 10
Author IdHAL : dominique-joly
Mariana Gomes Lima 11
Author
Déborah Federico 12
Author
Etienne Danchin 12
Author IdHAL : danchin-etienne-gj ORCID : https://orcid.org/0000-0003-4146-5608
Aki Minoda 13
Author
Christoph Grunau 1
Author IdHAL : christoph-grunau ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/A-6989-2010 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2161-412X
1
IHPE - Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (Université de Perpignan Via Domitia Bâtiment R 52 Avenue Paul Alduy 66860 Perpignan cedex (Languedoc-Roussillon) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5244 (France)
- UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- IFREMER - Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (155, rue Jean-Jacques Rousseau - 92 138 Issy-les-Moulineaux - France)
- UPVD - Université de Perpignan Via Domitia (52 avenue Paul Alduy - 66860 Perpignan Cedex 9 - France)
2
CRUK - Cancer Research UK Cambridge Institute [Cambridge, Royaume-Uni] (University of Cambridge
Li Ka Shing Centre, Robinson Way
Cambridge, CB2 0RE - United Kingdom)
- CAM - University of Cambridge [UK] (The Old Schools, Trinity Lane, Cambridge CB2 1TN - United Kingdom)
3
DKFZ - German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg] (German Cancer Research Center Im Neuenheimer Feld 280 D-69120 Heidelberg - Germany)
4
LEHNA - Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (Université Claude Bernard Lyon 1
3-6, rue Raphaël Dubois - Bâtiments Darwin C & Forel, 69622 Villeurbanne Cedex
43, Boulevard du 11 novembre 1918
ENTPE
3, rue Maurice Audin
69518 Vaulx-en-Velin - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- ENTPE - École Nationale des Travaux Publics de l'État (3, rue Maurice Audin - 69518 Vaulx-en-Velin Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5023 (France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : USC1369 (France)
5
Curtin University [Perth] (GPO Box U1987, Perth WA 6845 - Australia)
- PATREC - Planning and Transport Research Centre (University of western Australia - Australia)
6
SEEM - Station d’Ecologie Expérimentale du CNRS à Moulis (09200 Moulis
France - France)
- UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier (118 route de Narbonne - 31062 Toulouse - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : USR2936 (France)
7
LBLGC - Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (Rue de Chartres, BP 6759, 45067 Orléans CEDEX 2 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : USC 1328 (France)
- UO - Université d'Orléans : EA 1207 (Château de la Source - Avenue du Parc Floral - BP 6749 - 45067 Orléans cedex 2 - France)
8
CEFE - Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (1919 route de Mende - 34293 Montpellier cedex 5 - France)
- IRD [France-Sud] - Institut de Recherche pour le Développement : UMR 5175 (911 avenue Agropolis, BP 64501 34394 Montpellier cedex 5 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 5175 (France)
- EPHE - École pratique des hautes études : UMR 5175) (4-14 Rue Ferrus, 75014 Paris - France)
- PSL - Université Paris sciences et lettres (60 rue Mazarine 75006 Paris - France)
- UM - Université de Montpellier : UMR 5175 (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- Montpellier SupAgro - Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (2, place Viala 34060 Montpellier Cédex 2 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR 5175 (France)
- Montpellier SupAgro - Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques : UMR 5175 (2, place Pierre Viala - 34060 Montpellier Cedex 02 - France)
- UPVM - Université Paul-Valéry - Montpellier 3 : UMR 5175 (Université Paul Valéry Montpellier 3 Route de Mende 34199 Montpellier Cedex 5 - France)
9
University of Adelaide (Adelaide, South Australia, 5005 Australia - Australia)
10
EGCE - Évolution, génomes, comportement et écologie (CNRS, 91198 Gif sur Yvette - France)
- UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11 (Bâtiment 300 - 91405 Orsay cedex - France)
- IRD : UMR247 (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR9191 (France)
11
IOC - Instituto Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Institute [Rio de Janeiro] (Avenida Brasil 4.365 - Manguinhos, Rio de Janeiro, RJ - Brazil)
- FIOCRUZ - Fundação Oswaldo Cruz (Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro - Brazil)
- RIIP - Réseau International des Instituts Pasteur (25, rue du Dr Roux 75724 Paris Cedex 15 - France)
12
EDB - Evolution et Diversité Biologique (Université Toulouse III Paul Sabatier
Bâtiment 4R1
118, route de Narbonne
31062 Toulouse cedex 9
France - France)
- UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier (118 route de Narbonne - 31062 Toulouse - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5174 (France)
13
RIKEN IMS - Laboratory for Cardiovascular Genomics and Informatics [Yokohama] (RIKEN Center for Integrative Medical Sciences,
East Research Building,
Suehiro-cho, Tsurumi-ku,
Yokohama City, Kanagawa,
230-0045, Japan - Japan)
- RIKEN IMS - RIKEN Center for Integrative Medical Sciences [Yokohama] (Suehiro-cho, Tsurumi-ku,
Yokohama, Kanagawa
230-0045, Japan - Japan)
- RIKEN - RIKEN - Institute of Physical and Chemical Research [Japon] (Hirosawa 2-1, Wako, Saitama 351-0198 - Japan)
Abstract : We describe here a protocol for the generation of sequence-ready libraries for population epigenomics studies, and the analysis of alignment results. We show that the protocol can be used to monitor chromatin structure changes in populations when exposed to environmental cues. The protocol is a streamlined version of the Assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) that provides a positive display of accessible, presumably euchromatic regions. The protocol is straightforward and can be used with small individuals such as daphnia and schistosome worms, and probably many other biological samples of comparable size (~10,000 cells), and it requires little molecular biology handling expertise.
Document type :
Journal articles
Complete list of metadata
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03145575
Contributor : Anne Modat <>
Submitted on : Thursday, February 18, 2021 - 2:40:21 PM
Last modification on : Tuesday, March 30, 2021 - 12:26:18 PM
Contributor : Anne Modat <>
Submitted on : Thursday, February 18, 2021 - 2:40:21 PM
Last modification on : Tuesday, March 30, 2021 - 12:26:18 PM
File
Augusto-2021-WellcomeOpenRes-S...
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Identifiers
- HAL Id : hal-03145575, version 1
- DOI : 10.12688/wellcomeopenres.15552.2
Collections
UNIV-TLSE3 | INRA | RIIP | PSL | UNIV-PERP | BIOENVIS | AGROPOLIS | UNIV-LYON1 | UNIV-ORLEANS | UNIV-MONTPELLIER | ENTPE | EPHE | CNRS | UDL | INRAE | MONTPELLIER-SUPAGRO | B3ESTE | IRD | IHPE | UNIV-MONTP3 | CEFE | SETE
Citation
Ronaldo de Carvalho Augusto, Olivier Rey, Céline Cosseau, Cristian Chaparro, Jérémie Vidal-Dupiol, et al.. A simple ATAC-seq protocol for population epigenetics. Wellcome Open Research, F1000Research, 2021, 5, pp.121. ⟨10.12688/wellcomeopenres.15552.2⟩. ⟨hal-03145575⟩
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